Po dvaceti pěti letech služby a třiceti dvou misích byl ze služby vyřazen raketoplán Atlantis. Je pojmenovaný po první americké oceánografické lodi. Ve flotile raketoplánů byl čtvrtý postavený a druhý služebně nejmladší. Jeho první let do vesmíru se uskutečnil 3. října 1985, kdy vynášel družici ministerstva obrany Spojených států. Celkově letěl na oběžnou dráhu s nákladem Pentagonu pět krát.
Během své pětadvacetileté služby vypustil sondy Magellan k Venuši a Galileo k Jupiteru, vynesl Comptonovu gama observatoř, letěl 7krát ke stanici Mir a 11krát k ISS. Před rokem se vydal k páté servisní misi Hubbleova vesmírného dalekohledu.
Atlantis startoval do vesmíru už půl roku po svém rolloutu. Byl prvním raketoplánem, který vypustil meziplanetární sondu. Jeho nejdelší mise trvala takřka 14 dnů. K ISS dopravil evropskou laboratoř Columbus, americkou laboratoř Destiny, modul Quest, šest nosníků (S0, S1, P3, P4, S3, S4) a solární panely. Celkový počet astronautů a kosmonautů, kteří letěli v Atlantisu, dosáhl čísla 155. Z nich 146 absolvovalo na Atlantisu celou svou misi, zbylí použili raketoplán jako dopravní prostředek k orbitální stanici. Celková vzdálenost, kterou Atlantis během svých letů urazil, odpovídá 1010násobku vzdálenosti mezi Zemí a Měsícem.
V době, kdy raketoplány končí, vlastně teprve víme, jak bychom je měli správně postavit. Dnes by nemusel mít trojitou hydrauliku, protože jsou dostupné motory s dostatečným točivým momentem. Je možné vyrobit lehčí tepelný štít a jsou dostupné lepší slitiny a kompozity. Raketoplány jsou sice drahé, jejich vina to ale není. Kdyby nebyl tlak na to, aby byla výzkumná střediska a továrny rozesety po celých Spojených státech, odpadla by drahá doprava, rozebírání, balení a opětné sestavení. V případě jejich častějších letů by cena jednoho nebyla tak enormní. Většinu nákladů totiž tvoří zbytečně rozlehlá infrastruktura. Ke zlepšení chyběla dostatečná vůle. Skoro všechny inovační programy raketoplánů byly kongresem seškrtány s odůvodněním ve smyslu: „Už vám to nějak lítá, tak dejte pokoj.“
Raketoplán je jediné skutečné vesmírné plavidlo. Během své cesty na oběžnou dráhu nenávratně ztratí jen palivovou nádrž. Po návratu se provede potřebná údržba, dodá se velká palivová nádrž, přidají se obnovené postranní pomocné rakety a je schopný znovu odstartovat. Proti tomu se lodě jako Apollo nebo Sojuz vrací z vesmíru v podobě malé kapsle s posádkou. Doprava nákladu z oběžné dráhy na Zemi v nich možná není. Raketoplán slouží svému účelu velmi dobře – k levné časté dopravě nákladu na oběžnou dráhu nebo z ní. Každý z jeho tří hlavních motorů váží víc než první kosmické lodě. Je ale potřeba si uvědomit, že robustnost raketoplánu kvůli dopravě motorů zpět na Zemi zastává ekonomickou funkci. Náklady na každý start tím sníží o dvě třetiny.